O Laboratório de Arqueologia e Etnologia (LAE), vinculado ao Departamento de Filosofia e Ciências Humanas, foi criado em 2008 para atender as necessidades de pesquisas e ações de educação patrimonial no projeto de criação do Parque Estadual e Refúgio da Vida Silvestre (convênio UESB/SEMA), além de atender a projetos de pós-graduação em andamento. Atualmente vem desenvolvendo pesquisas próprias e com outras instituições de pesquisa, executa ações em parceria com ONGs e empresas especializadas em processo de licenciamento ambiental, colaborando no sentido da salvaguarda do patrimônio arqueológico do Estado da Bahia em cumprimento ao disposto nas portarias nº 07/1988 e 230/2002 MEC/IPHAN. Conta com uma equipe de arqueólogos, antropólogos e estagiários de Iniciação Científica da UESB, além de pesquisadores da Instituição, especialmente do Departamento de Ciências Naturais.