A Gerência de Pesquisa e Inovação da UESB é responsável por gerir as atividades relacionadas à pesquisa, estimulando a produção intelectual, a formação e a consolidação de Grupos de Pesquisa, a participação de doutores em projetos de pesquisas institucionais e a captação de recursos frente às agências de fomento, contribuindo para a melhoria da Infraestrutura da Universidade, assim como a consolidação e o fortalecimento da Iniciação Científica e Tecnológica na Instituição, por meio do programa de Bolsas, da iniciação científica voluntária e de eventos anuais voltados para a iniciação científica e tecnológica.