O Programa de Pós-Graduação em Engenharia e Ciência de Alimentos da Universidade Estadual do Sudoeste da Bahia oferece os cursos de Mestrado e Doutorado em Engenharia e Ciência de Alimentos, com áreas de concentração em Engenharia de Alimentos e Ciência de Alimentos. O programa é destinado a profissionais com diploma de curso superior nas áreas de Engenharia, Ciências Exatas, Ciências Agrárias e outras co-relacionadas. O programa tem por objetivo a pesquisa, o treinamento e a formação de pessoal altamente capacitado, utilizando os princípios fundamentais da Ciência da Engenharia aplicados ao estudo dos fenômenos das transformações, operações e processos envolvidos na Agroindústria. O curso de Mestrado tem duração mínima de 12 e máxima de 24 meses, e o curso de Doutorado tem duração mínima de 36 e máxima de 48 meses.