Atualmente o PPGEd capta bolsas das agências CAPES e FAPESB. A distribuição das bolsas para mestrandos é efetuada pela Comissão de Bolsas do Colegiado do Programa, mediante critérios definidos anualmente e respeitando o Regimento Interno do Programa. Além disso, é preciso considerar a disponibilidade de bolsas oferecidas pelas agências de fomento.